偃松 PpDIV1 基因克隆及生物信息学分析

doi:10.3969 /j. issn. 2096-4900. 2021. 03.007

温带林业研究

2021, Vol. 4

Issue (3): 38-43 DOI: 10.3969 /j. issn. 2096-4900. 2021. 03.007

研究论文

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偃松 PpDIV1 基因克隆及生物信息学分析

王思瑶 ^1,2，于宏影 ^1,2*，刘亭亭 ³，刘洋 ¹，崔嵘 ^1,2，杨兰 ¹

1. 国家林业和草原局哈尔滨林业机械研究所，哈尔滨 150086； 2. 中国林业科学研究院寒温带林业研究中心，哈尔滨 150086；3. 黑龙江省疾病预防控制中心，哈尔滨 150030

Full-Length cDNA Cloning and Bioformatic Analysis of PpDIV1 genes from Pinus pumila

WANG Si-yao ^1,2， YU Hong-ying ^1,2*， LIU Ting-Ting ³， LIU Yang ¹， CUI Rong ^1,2*， YANG Lan ¹

1. Harbin Research Institute of Forestry Machinery，National Forestry and Grassland Administration，Harbin 150086；2. Research Center of Cold Temperate Forestry，CAF，Harbin 150086；3. Heilongjiang Provincial Center For Disease Control And Prevention，Harbin，150030

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文章导读

摘要【目的】挖掘偃松种子萌发过程关键基因，为揭示偃松种子难于萌发的生理学和遗传学机制提供理论依据，并为进一步进行偃松资源开发利用提供技术保障。【方法】利用偃松种子萌发 RNA-Seq 数据及加权基因共表达网络分析结果筛选偃松 DIV 基因并克隆，通过生物信息网站及软件对其进行生物信息学分析。【结果】从偃松种子中克隆 1 个响应种子萌发的 DIVARICATA（ DIV）基因，该基因属于 MYB 家族，此基因命名为 PpDIV1，并对其进行生物信息学及表达特性分析。结果表明，该基因具有完整的开放读码框（ ORF）， ORF 长 885 bp，编码 294 个氨基酸。该基因编码的氨基酸序列与月季 DIV 蛋白（ GenBankID:XP_024190861）相似度最高，可达 66.13%。 PpDIV1 基因存在两个 SANT 超家族位点，分别为 SWI3、 ADA2、 N-CoR 和 TFIIIB 结合位点及 MYB 结合位点。根据实验室前期对种子不同萌发时期转录组的测序结果显示， PpDIV1 基因在此过程中不断上调表达。【结论】 PpDIV1 为偃松 MYB家族中的新基因，该基因的获得为进一步挖掘其在偃松种子萌发过程中的调控机制研究奠定了基础。

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关键词 ：偃松, DIV, MYB, 克隆

收稿日期: 2021-07-28

PACS:

S719.24

基金资助:科技基础资源调查专项（2019FY100802-06）；林木遗传育种国家重点实验室开放基金（ K2019105）。

通讯作者: 王思瑶（1992—），女，硕士，研究实习员，主要研究方向：林木遗传育种。 E-mail：346043844@qq.com。 E-mail: E-mail：346043844@qq.com。

作者简介: 王思瑶（1992—），女，硕士，研究实习员，主要研究方向：林木遗传育种。

引用本文:

王思瑶，于宏影，刘亭亭，刘洋，崔嵘，杨兰. 偃松 PpDIV1 基因克隆及生物信息学分析[J]. 温带林业研究, 2021, 4(3): 38-43.
WANG Si-yao， YU Hong-ying， LIU Ting-Ting， LIU Yang， CUI Rong， YANG Lan. Full-Length cDNA Cloning and Bioformatic Analysis of PpDIV1 genes from Pinus pumila. 温带林业研究, 2021, 4(3): 38-43.

链接本文:

http://www.wdlyyj.cn/CN/10.3969 /j. issn. 2096-4900. 2021. 03.007 或 http://www.wdlyyj.cn/CN/Y2021/V4/I3/38

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